La crise épidémique a été marquée par une réalisation sans précédent de tests virologiques et sérologiques sur le territoire. Cela a nécessité des homologations de tests, d’établissements qualifiés, mais aussi une logistique sans faille. La livraison du dernier kilomètre a montré toute son importance dans ces conditions bien spécifiques.

Selon le Ministère des Solidarités et de la Santé, l’objectif était et reste encore d’empêcher la circulation du virus.

Le dépistage, un élément clé.

Détecter la présence du virus chez une personne est donc très important pour décider de son isolement et pour prendre toutes les précautions afin d’éviter la transmission.

En conséquence, le test le plus utile dans la lutte contre l’épidémie est le test virologique (RT-PCR). Il permet de déterminer si une personne est porteuse du virus au moment du test grâce à un prélèvement par voie nasale. Le résultat est en général disponible 24 à 48h après. C’est le seul test fiable et recommandé pour le dépistage.

En France, si les tests n’étaient possibles que dans 45 laboratoires de recherche spécialisés au début de l’épidémie, ils se sont étendus aux laboratoires de ville et à ceux des Centres Hospitaliers. Tous ont été mis à rude épreuve pour répondre le plus rapidement possible à la demande de dépistage des médecins de ville, mais aussi des « Centres d’urgence Covid-19 » mis en place pour soulager le 15 et les Services d’urgence, ou encore des Centres Hospitaliers. Ces tests ont permis de réguler et d’orienter le flux des patients, soit vers des services de prise en charge d’hospitalisation classique, soit en quarantaine ou en service de prise en charge « Covid », selon leur état de santé.

Sur le plan de la livraison, cela nécessite différentes opérations. Tout d’abord, les laboratoires doivent s’équiper pour réaliser ces tests. Deux cas se présentent.

Dans le premier cas, l’analyseur de biologie moléculaire, ou plateforme de diagnostic, est de type « ouvert ». Il a dans ce cas obtenu le mode opératoire via le Centre National de Référence de l’Institut Pasteur, puis a pu commander les kits de réactifs de biologie moléculaire validés auprès des fournisseurs concernés.

Dans le second cas, l’analyseur est de type « fermé », ce qui l’a contraint à s’équiper d’une autre machine adaptée à cette technique de test.

Des données de tests réalisés incomplètes et contradictoires

Les données concernant le nombre de tests réalisés sont incomplètes et difficilement vérifiables.

Le 24 mars 2020, Jérôme Salomon, Directeur de la Direction Générale de la Santé (DGS), annonçait que la capacité de test du coronavirus devait passer de 9 000 à 19 000 tests par jour dès la fin de la semaine du 23 mars, soient 133 000 tests par semaine.

Pour la semaine du 20 au 26 avril 2020, si le bilan national annoncé est de 124 000 tests, il ne reprend que les chiffres de ceux effectués dans les grands centres hospitaliers et dans un réseau de laboratoires privés, appelé « 3 labos ». Le Ministre Olivier Véran affirmait que nous parvenions à 280 000 tests par semaine après avoir appelé toutes les Agences régionales de santé.

Depuis cette date, les choses ont évolué. Sur le site du gouvernement info-coronavirus, en date du 10 mai 2020, il est annoncé « qu’il est aujourd’hui possible de réaliser jusqu’à 700 000 tests chaque semaine sur l’ensemble du territoire. »

La multiplicité des sources et l’incohérence de certaines données annoncées incitent à la prudence sur la véracité des données.

Quoiqu’il en soit, la demande en tests a été exponentielle. L’approvisionnement et les livraisons des laboratoires étaient sous tension et des retards de livraison ont été constatés, notamment pour les réactifs d’extraction d’ARN ou les écouvillons. Les stocks de réactifs ont demandé un contrôle quotidien et un approvisionnement régulier dont la fréquence a augmenté afin de ne pas tomber en rupture face à la demande.

Ceci a bien entendu eu un impact sur les flux de transport entre les fournisseurs de réactifs homologués et les laboratoires. Ces livraisons sont réalisées en température négative pour certains réactifs et souvent en urgence.

Les flux entre les laboratoires et les lieux de prélèvements ont également fortement augmenté, comme par exemple au sein d’un GHT entre les différents établissements et les laboratoires aptes à réaliser l’analyse.

Les tests sérologiques : des flux logistiques en croissance

Autre arme dans cette lutte, le test sérologique, réalisé par prélèvement sanguin. Il permet de distinguer la présence ou non d’anticorps anti-coronavirus et indique donc si la personne a contracté la COVID-19, même sans avoir eu de symptômes. Il existe plusieurs types de tests sérologiques : les test automatiques ELISA et les tests rapides.

Le Centre National de Référence de l’Institut Pasteur (CNR) a homologué 23 tests fiables qui figurent sur le site du Ministère. Ils sont remboursés par la sécurité sociale lorsqu’ils sont marqués CE et entrent dans le cadre des indications définies par la HAS. Ils sont destinés à un usage médical, dont l’arrêté et le décret sont parus au JO le 28 mai 2020.

A l’heure actuelle, l’état des connaissances scientifiques ne permet pas de déterminer durant combien de temps la présence d’anticorps protège d’une nouvelle contamination. Avoir un test sérologique positif ne garantit donc pas une immunité durable et systématique.

Ces tests sérologiques ont aussi généré des flux logistiques en nombre conséquents, et souvent dans des situations d’urgence.

Les tests Covid-19 ont donc encore une longue durée de vie … En tout état de cause, si les approvisionnements ont été sous tension durant le pic de la crise épidémique, les services de livraison ont su, dans le respect des règles sanitaires strictes, effectuer souvent dans l’urgence, les opérations qui étaient exigées.

La chaîne logistique des tests a ainsi su s’adapter à la situation exceptionnelle de la crise et a montré toute son importance pour la gestion sanitaire des populations.

Sources :

https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/tests-et-depistage

https://solidarites-sante.gouv.fr/soins-et-maladies/maladies/maladies-infectieuses/coronavirus/tout-savoir-sur-le-covid-19/article/les-serologies-reponses-a-vos-questions

https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/maladie-covid-19-nouveau-coronavirus

https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/#_

https://www.linternaute.com/actualite/guide-vie-quotidienne/2489431-depistage-du-coronavirus-quels-sont-les-beneficiaires-des-tests-serologiques-rembourses/